Heinze memulakan kerjayanya di negaranya iaitu dengan kelab Newell's Old Boys di Rosario. Berikutan dengan perhatian daripada kelab-kelab Eropah, beliau kemudiannya menandatangani kontrak dengan kelab Real Valladolid. Selepas hanya satu musim dengan kelab Sepanyol berkenaan, beliau telah dipinjamkan kepada kelab Sporting di Portugal, walaupun beliau boleh kembali dan menghabiskan dua tahun lagi di Sepanyol.